Bonjour Alix,
Pour justement éviter ta mésaventure, il est spécifié dans la licence qu'il est fortement déconseillé de faire les mises à jour trop tôt le matin 
 ( je plaisante bien sûr)
 
( je plaisante bien sûr)
Tu peux soit attendre les prochaines mises à jour comme indiqué par Jack et cliquer sur:
 
Qui, d'ailleurs, clignote lorsque "ne plus afficher la mise à jour" est coché.
Soit tu vas dans ta Liberkey, dossier 
LiberKeyTools\LKAppsVCheck puis tu édites/supprimes le fichier 
ignore.dat  
En lançant manuellement la vérification 
(Outils Liberkey => Vérifier maj des applications), les maj ignorées réapparaitront.